Primeras aparaciones

Inicialmente, sólo se muestra su silueta durante la extracción de los Bijū, con un peinado de múltiples picos y unos ojos con varios círculos concéntricos de distintos tonos de gris. Aparece en persona por primera vez muy brevemente al final del capítulo 329 del manga, revelando los objetivos finales de Akatsuki. Se le ve sobre una estatua en una gran ciudad, donde los edificios, aunque similares en aspecto a los de Konoha, son mucho más altos, y están cubiertos de tubos y cables. Esta ciudad resulta ser la Aldea Oculta de la Lluvia. Por una portada en color se sabe que tiene el pelo naranja (capítulo 317). Es el único que ha dado órdenes a los otros miembros y ninguno se ha opuesto o le ha desafiado, salvo quizá Hidan, que incluso le insultó. En el capitulo 363 aparece al descubierto, mostrando múltiples piercings en los labios, la nariz y las orejas, así como un collar de pinchos en el cuello, oculto bajo el atuendo de Akatsuki. Es un ninja renegado de la Aldea Oculta de la Lluvia, por su protector. En él se le muestra con Konan, su compañera. Se nota su parecido con Naruto Uzumaki, aunque cualquier profundización en ese aspecto es pura hipótesis de momento. Ya en el capitulo 372 del manga aparece su nombre: Nagato. El, junto a Konan y un chico llamado yahiko (al parecer el lider de los tres) eran niños huerfanos a los que Jiraya decidio entrenar, a peticion de estos mismos. Se desconoce todo sobre el pasado de Pein, aunque por su protector tachado, perteneció a la Aldea Oculta de la Lluvia que pasó a liderar tras acabar con Salamandra Hanzō, anterior dirigente. Llega a decir que no se debe tomar a Naruto a la ligera y que su captura (que Madara le ha ordenado) no será sencilla, pero Konan comenta que aún está por llegar su primera derrota, aludiendo a que no ha sido vencido nunca. Su nombre es Nagato y era un niño huerfano de La Aldea Oculta de la Lluvia junto con Konan y Yahiko. En su infancia, el y sus compañeros se encontraron con los tres legendarios Sannin y les pidieron que los entrenaran, a lo cual solo Jiraiya se hizo responsable y cuidó de ellos. No se ve que pronuncie palabra alguna en ningún momento excepto cuando se pone a llorar lamentando la muerte de sus padres. Durante su estancia con Jiraiya fueron atacados por un Chuunin de la Aldea Oculta de las Rocas que les intentó quitar la comida y su dinero y no se sabe como pero Pein (Nagato) lo mató y por fin le mostró la cara a Jiraiya, mostrándole sus ojos, los cuales lo asustaron. Pein usa un jutsu que le permite detectar perturbaciones o irrupciones gracias a la lluvia que crea. Tiene la capacidad de detener o provocar ésta, como demuestra al detenerla en el capítulo 368, para que Konan realice su técnica. Se revela que pertenece al clan Fūma. En el capitulo 371 del manga, este personaje deja a entrever que tiene la habilidad de cambiar de cuerpo para luchar, trasladándose a uno similar al de Deidara. Él y su acompañante Konan hablan sobre Jiraiya en este capitulo, y parece ser que lo conocen muy bien.Su habilidad para trasmigrarse de un cuerpo a otro es un Dojutsu de el llamado Rinnegan,que permite trasmigrar tu alma a otro cuerpo.